12．在日内瓦的伟大事工
加尔文回来后，便提出“教会宪章”（Church Order），这是一套教会管理的规条；这宪章立刻得到采纳。
宪章内容是根据圣经教导，在教会内设立四个职份：牧师、教师、长老、执事。
在加尔文的制度中，长老居重要地位；长老们是从教会的会员中选出，他们与牧师组成“教会法庭”（Consistory）；长老们的职责是监督信仰的纯正及信徒的生活。
加尔文给“教会法庭”有惩冶信徒及革除教籍之权；若一宗案件需要更进一步刑罚，则交给行政当局处理。
路德被情况所逼，给德国贵族权柄过问教会事务；而加尔文的理想是：教会完全独立，不受政府管辖。
以加尔文而言，教会的自由在于教会有权革除教籍，不受外来势力的干扰。
曾有一次，一些被教会法庭革除教籍的日内瓦市民，拿着武器，冲进教堂，企图以暴力领受圣餐；他们声称若加尔文不让他们领圣餐，就要取他的性命。
加尔文伸手护卫桌上的饼和杯，向他们宣告说：“你们只能从我的尸体下领到圣餐！”
就这样，藉着他的勇气和毅力，加尔文把他们屈服，放弃以暴力领受圣餐之举。
经常有人对教会法庭严惩信徒之事感到不满。
加尔文不止一次几乎被驱逐出境。
幸有外国难民的大量流入，及瑟维特（Servetus）事件的发生，才挽回了危机。
瑟维特是一位学识丰富的西班牙医师，出版了一本攻击三位一体教义的书。
他一来到日内瓦，就被逮捕；经过审讯，证实有罪，便以异端之名于公元1553年十月二十七日被焚而死。
所有复原派神学家、甚至最温和的墨兰顿，以及罗马天主教都赞同他的处死。
而加尔文的对手们却要保护这位被众人定罪的人，他们竭力拦阻瑟维特的审讯，使他们因此失去信誉；以致他们反对加尔文的势力也随之瓦解。
许多人为复原派信仰遭受逼迫，因此难民潮从不同国家流入日内瓦；这些人成为加尔文最勇敢的支持者。
当他们成为公民后，加尔文就有了一个忠于他的政府。
公元1555年起，加尔文就做了“日内瓦的主人”（Master of Geneva）。
