3．诺克斯在苏格兰的改革事工
诺克斯回到苏格兰后，改教运动就全面展开。
诺克斯的讲道非常有能力，他的风格是直接、活泼、简明，经常在讲道中运用充满才气的隽智和尖刻的讽刺，以致有人对他讲道的评论是：“别人讲道是砍掉树枝，这个人讲道是砍断树根。”
在讲台上，诺克斯精力充沛，讲道时，他好像要把讲台击成碎片，从讲台后飞跃出来。
诺克斯的讲道，就像把火种投进弹药库中，无论在哪里，每次他讲完道就爆发毁像行动，暴民们打碎偶像，捣毁修道院。
他写着说：“拜偶像的场所被夷为平地，拜偶像的碑坊被火吞灭，祭司被勒令停止亵渎神的弥撒。”
公元1560年，苏格兰国会宣布改变宗教；以复原教取代天主教而为国教；并采纳大部份由诺克斯所写的加尔文派信条；教皇权柄及所有天主教高级职员的管辖权，一概取消；并禁止举行弥撒。
政府的首要任务是保守这个真宗教；传道人由政府付薪；教会不管政治，除非遇到有关宗教生活或仪式方面的事。
根据诺克斯的策划，教会与政府的关系仍保持教皇时代的情形：在属灵的事上，教会高于政府；在属世的事上，政府高于教会。
唯一的改变是，诺克斯取代了教皇的地位。
过去是复原派信徒受压，现在是天主教信徒被压。
这个“教会与政府关系”的观念，也成为比利时信条第三十六条的基础。
4．苏格兰教会组织起来
第一次“苏格兰大议会”于公元1560年十二月召开，翌年一月，他们向国会提出“教会管理法规第一集”（Fifs Book of Discipline）。
这本法规将加尔文在日内瓦所行的教会制度应用到苏格兰全国。
在每个教会中，由一位牧师及数位从会友中选出的长老组成“集会”（session）；小地区的教会会议称为长老部（presbyteries），由各教会牧师代表及长老们组成；大区域的会议称为“议会”（synod），由各地区牧师代表及长老们组成；全国性的教会会议称为“大议会”（general assemblies），由来自全国各教会的牧师代表与长老们组成。
在崇拜方面，诺克斯又写了一本“公用仪式书”（Book of Common Order）。
这本仪式书是以日内瓦英国难民教会的礼拜仪式及加尔文所编的仪式为蓝本，崇拜内容包括：祷告、读经、讲道、唱诗与奉献。
书中也包括在各种情况的祷告文，但仅为祷告的示范，并不强迫使用；在祷告上，仍给信徒许多自由。
加尔文在日内瓦组织的教会有极大影响力：它成为法国预格诺教会、荷兰改革宗教会及苏格兰长老教会的楷模。
