6．威斯敏斯特会议（The Westminster Assembly）
在战争进行中，国会决定改革教会，于公元1643年废除主教制，并在威斯敏斯特召开会议，以制订信条及教会行政制度。
大会有一百二十一位教牧代表及三十位信徒代表参加，其中除公理派与圣公宗外，大部份是长老派清教徒。
由于苏格兰人在战争时给过帮助，所以也将一些席位给苏格兰代表；虽然他们没有投票权，但在会中有相当大的影响力。
威斯敏斯特会议成为英国教会史中一次划时代的会议。
会中制订了“崇拜指南”（Directory of Worship）以取代过去的“公祷书”。
这本“崇拜指南”至今仍被长老派及公理派教会所采用。
会中也订立了有名的“威斯敏斯特信条”（Westminster Confession of Faith），这是改教运动时期，复原教主义最后一份伟大的信经。
此外，也为讲道解经预备了“大本信仰问答”（Larger Catechism）；并为教导儿童预备了“小本信仰问答”（Shorter Catechism）。
此次会议非常成功；威斯敏斯特信条及两本信仰问答，都是加尔文派或改革宗教义的最佳文件。
公元1648年，国会通过接受这些文件，只将威斯敏斯特信条作了些许修订。
这份信条也在苏格兰全国大会中通过采纳。
加尔文派在英国教会所做的改教运动，至此可以说是大功告成。
同一年，欧洲大陆的三十年战争，也因韦斯发里亚和约的签订而告结束。
7．清教徒统治结束
纳斯比全胜、和查理一世去世后，军队地位变成了至高无上。
大部份军人属于独立派，克伦威尔本人则倾向公理派。
国会宣告英国教会的行政体系采长老派，但因受到军队的压力，要使全英国纳入长老派是不可能的。
从公元1649到1653年间，英国是一个共和政体，克伦威尔被任命为摄政，因此，实际上是军人专制。
在克伦威尔治下，各宗教团体都得到相当多的自由，尤其是“不从国教者”（Nonconformists）和“不同意者”（Dissenters）。
甚至连最令人讨厌的贵格派信徒（Quakers），克伦威尔也对他们友善。
自从内战以来，大约有二千个主教制下的圣职人员，失去他们赖以维生的职业，过着贫困的日子。
